Cell | 免疫疾病中淋巴细胞特异基因调控动态全景图

东京大学的分析技术人员和RIKEN Research分析所的朋友们现在确立了首个针对自身肝细胞性癌症和自身高血压癌症的基因组数据源。决心这一水资源能为肝细胞癌症的发展提供新的见解，并有可能有效地药物的挖掘出。科学家们还决心，与肝细胞关的的基因组数据图集最终有可能应用于诸如COVID-19等传染病的分析。

东京大学项目分析文员，临床风湿病学家，特性微生物学专家Mineto OtaClark感叹：“要认识到癌症，就才会深刻认识到基因组表征的特性。有了这个数据集，我们就可以将与癌症关的的DNA基因组组变化的数据与对癌症确诊机制十分关键的基因组和巨噬细胞多种类型关系慢慢地。”Ota是该团队发表在《Cell》杂志上的评论的主要笔记，评论标题为“Dynamic landscape of immune cell-specific gene regulation in immune-mediated diseases”。该项目是与Chugai Pharmaceutical的科学家们合作关系来进行的。

笔记所写，肝细胞巨噬细胞内的癌症（IMD）之外从自身肝细胞性到自身瘙痒的多种流行病学。他们提到有，尽管IMD当中炎性巨噬介导的异常活动断定肝细胞巨噬细胞特性暴发了变化，但是，“对于IMD的关的基因组甚至关的巨噬细胞多种类型知之甚少。”

全部都是基因组关联分析（GWAS）挖掘出了许多与IMD关的的基因组残基。但是，在此类关联分析当中确认出有的许多基因组表征都位于调节基因组“on”或“off”暗示的DNA非编码区域，而不是位于基因组编码基因组组当中。分析调查小组提到有：“GWAS现在阐明了许多与繁杂性状和癌症关的的基因组残基，之外IMD。这些表征当中的大多数都位于非编码基因组区域，尤其是转录模组，如增强子和启动子。”

为了阐明转录DNA的特性，一种多种不同多种类型的基因组分析，称为暗示系统性性状基因组残基（eQTL），主旨将DNA基因组组的差异与基因组暗示的差异关系慢慢地。运用eQTL数据，分析技术人员可以对转录DNA基因组组的目的、转录基因组组当中的表征如何影响其转录基因组的暗示以及这些基因组暗示差异如何导致癌症这两项有更明智的猜测。

其它针对肝细胞的eQTL分析现在在来进行当中，但当初的分析工作只之外保健义工，并检查了更少需求量的巨噬细胞多种类型。分析技术人员所写：“对保健供体肝细胞巨噬细胞的分析有可能无法捕获癌症正常下挖掘出的一系列eQTL振荡。此外，虽然对肝细胞巨噬细胞的试验性焦虑可以在仅仅上模拟癌症正常，但并不也许反映出有体内的内分泌环境。”

Ota补充道：“瘙痒正常下，肝细胞巨噬细胞的化学特性与保健正常下的完全一致巨噬细胞截然多种不同。与肝细胞状况关的的基因组表征有可能只在患病正常下起起着，因此对于这种多种类型的基因组分析，从主观病患者身上得到结果显示十分关键。”

在他们最新报导的分析当中，分析调查小组对79名保健义工和337名被病因患有10种多种不同多种类型肝细胞巨噬细胞内癌症（之外类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和系统性结节病）的病患者来进行了全部都是基因组核酸。所有义工都是日本裔。

认识到肝细胞巨噬细胞内的癌症很强潜力，因为尽管每种癌症在临床上都是多种不同的，但仍有许多重合之处，并且很强完全一致病因的病患者有可能会表现出有十分多种不同的症状。分析技术人员补充感叹：“由于所有这些多样性，一次学习一种肝细胞巨噬细胞内癌症的能力是更少的。但是，如果我们四人分析10种癌症，就可以更全部都是面地认识到这些多种类型的癌症。”

在收尾全部都是基因组核酸后，分析技术人员从义工的血液结果显示当中分离出有28种多种不同多种类型的肝细胞关的巨噬细胞，并量度了这些巨噬细胞当中的基因组暗示。“我们在图集当中看到，每种肝细胞巨噬细胞多种类型都有多种不同的eQTL结果，这可以告诉我们巨噬细胞多种类型错综复杂基因组转录的差异，以及哪种巨噬细胞多种类型对于发展哪种癌症至关关键。”分析技术人员感叹。

笔记报告感叹，“在基因组暗示分析当中，我们在一个平台上对多个IMD来进行相对，使我们并不需要描述每个癌症（病患者）的特征，并比对与单个癌症特异性关的的基因组，以及在四组IMD当中肥胖的路中……我们的数据集使我们并不需要样品每个特定巨噬细胞多种类型当中eQTL振荡的内分泌（癌症）背景驱动的干扰。”

分析技术人员将得到的水资源命名为东京大学肝细胞巨噬细胞基因组暗示图集（ImmuNexUT），并感叹它代表了用作东亚裔义工确立的最大的eQTL数据集。他们总结道：“我们确定了肝细胞巨噬细胞多种类型特异性的eQTL振荡，之外基本上未有报导的罕见巨噬细胞多种类型，它们在内分泌瘙痒先决条件下的多样性，以及这些eQTL与IMD遗传错综复杂的十分大关联。”

“到目前为止，在这一课题，大规模的基因组和特性基因组分析主要是运用欧洲各国**来进行的，尽管社群多样性对于简单认识到基因组特性至关关键。”分析技术人员感叹，“这个日本受试者的eQTL图集对于面对这种以欧洲各国为当中心的偏见，结合欧洲各国的数据集进一步分析DNA表征的特性，也很强关键意义。”

分析技术人员决心ImmuNexUT数据源将继续增长，并最终为病患者带来很好的结果。他们感叹：“与前报导的水资源相比，我们的数据集很强独特而有利的特点，之外全部都是面的肝细胞巨噬细胞细分、**错综复杂肝细胞状况的变化以及同质的非欧洲各国**。”